โครงสร้างการบริหารงานสำนักหอสมุดเบญญาลัย ประกอบไปด้วย1.นายพงศ์ศักดิ์ เกษมสุวรรณ ประธานกรรมการอำนวยการมูลนิธิ 2.นางกรกนก ศิริวงษ์ ผู้อำนวยการมูลนิธิ 3.นางสาวจันทร์เพ็ญ เนื้อนวล รองผู้อำนวยการฝ่ายการเงิน/บัญชี 4.นายโกมล มาลัยทอง รองผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการ 6.นางสาวพิจิตรา ทองเนื้อขาว รองผู้อำนวยการฝ่ายบริหาร 7.นางกรกนก ศิริวงษ์ รองผู้อำนวยการฝ่ายประชาสัมพันธ์และหารายได้ 8.นายวินิจ มูลวิชา รองผู้อำนวยการฝ่ายบริหารกิจการพิเศษ สำนักหอสมุดเบญญาลัยอยู่ภายใต้ฝ่ายบริหารกิจการพิเศษ ประกอบด้วย ผู้อำนวยการสำนักหอสมุดเบญญาลัย บริหารกำหนดนโยบายและติดตามการดำเนินงานตามแผนของสำนักหอสมุดเบญญาลัย จำนวน 5 ฝ่าย ดังนี้ 1. ฝ่ายงานสำนักงาน 2.ฝ่ายซ่อมบํารุงอุปกรณ์เทคโนโลยี สิ่งอํานวยความสะดวกสำหรับคนตาบอด 3.ฝ่ายผลิตและบริการสื่อเทคโนโลยีสารสนเทศ 4.ฝ่ายผลิตและบริการสื่อเทคโนโลยีสารสนเทศ 5. ฝ่ายบรรณารักษ์และงานประชาสัมพันธ์